跨境电商在处理知识产权保护问题时，首先需要明确自身的知识产权情况，包括专利、商标、著作权等，确保自身的知识产权得到有效保护。其次，需要加强对供应链上游的管理，选择有知识产权保护意识的供应商合作，签订明晰的合同，明确知识产权保护条款，确保供应商不侵犯他人知识产权。另外，建立完善的知识产权保护制度和流程，对侵权行为及时处理，包括申请知识产权注册、监测侵权行为、通过法律手段维护自身权益等。还可以与第三方知识产权保护机构合作，共同监测和维护知识产权，提高跨境电商的知识产权保护能力。
除了以上措施，跨境电商还可以加强与海关、电商平台等相关部门的合作，共同打击侵权行为，建立更加严密的知识产权保护网络。同时，加强知识产权保护的宣传教育，提高全体员工对知识产权保护的重视和意识，从源头上减少侵权行为的发生。
总的来说，跨境电商在处理知识产权保护问题时，需要从内部管理、供应链管理、制度建设、合作与宣传等多个方面全面加强，以确保自身知识产权的有效保护，提升企业的竞争力和可持续发展能力。